Man unterscheidet zwischen folgenden Fondues:

Das Käsefondue
(auch als Fondue Neuchâteloise bekannt). Es wird aus Emmentaler, Greyerzer und Weißwein zubereitet, mit Knoblauch, Pfeffer und Muskat gewürzt und mit Kirschwasser abgeschmeckt. Die Zutaten werden anschließend in dieses Fondue getaucht.

Das Fleischfondue
oder Burgunder Fondue (Fondue Bourguignonne). Hier werden die Zutaten in heißem Öl gegart. Als Öl nimmt man entweder ein spezielles Frittieröl oder hitzebeständige Öle wie Erdnussöl, Sonnenblumenöl oder Rapsöl. In Frankreich wird übrigens häufig Traubenkernöl für Fondues verwendet wird. Wer den Buttergeschmack liebt, kann auch Butterschmalz nehmen.

Das Chinesische Fondue
(Fondue Chinoise). Hier werden die Zutaten in heißer Brühe gegart. Es hat allerdings nichts mit der chinesischen Küche zu tun, sondern viel eher mit der japanischen Tempura.